La Comisión Nacional de Búsqueda de Niñas y Niños desaparecidos durante el Conflicto Armado Interno tiene como finalidad esencial investigar y determinar el paradero y situación de las niñas y los niños desaparecidos durante el conflicto armado interno en El Salvador y propiciar el reencuentro con su familia de origen en un contexto de respeto a la dignidad de las víctimas.